Básicamente, la diferencia radica en que el UPC es comúnmente usado en países de Norteamérica, Reino Unido, y algunos otros países. En cambio, el EAN es un código usado mayormente en países de Europa, pero también puede usar usado por otros países de otros continentes, aunque sea menos común.
Otra diferencia relevante es que el UPC consta de 12 dígitos en el código, a diferencia del EAN, que consta de 13 dígitos. Tanto el UPC como el EAN tienen una versión más corta (UPC-E y EAN8) que consta de 8 dígitos en su código.